אגרות כלי שיט, או בלועזית Vessel Port Dues, הן תשלומים הנגבים מבעלי אוניות או ממפעיליהן בגין כניסה לנמל, עגינה, שהייה ושימוש בתשתיות ובשירותים נמליים.
האגרות מהוות חלק מעלויות התפעול של כלי שיט בנמלים מסחריים, ונועדו לממן את התשתיות והשירותים הנדרשים לפעילותן השוטפת של האוניות.
בישראל, אגרות כלי השיט מוסדרות במסגרת תקנות הנמלים ותעריפי השירותים הנמליים, כאשר שניים מהמרכיבים המרכזיים הם:
- אגרת מעגן (Harbour Dues), הנגבית בגין כניסת כלי השיט לנמל והשימוש במרחב הנמלי ובתשתיותיו הכלליות.
- אגרת מנגש (Berth Dues), הנגבית בגין השימוש ברציף או במקום העגינה שהוקצה לאונייה.
אגרת המעגן מתייחסת לשימוש הכללי בנמל, בעוד שאגרת המנגש מתייחסת לשימוש במקום העגינה עצמו ולמשך השהייה בו.
גובה האגרות נקבע בהתאם לתעריפים החלים ולמאפייני כלי השיט, ובהם סוג האונייה, מידותיה ומשך שהייתה בנמל.
לצד אגרות אלה, עשויים להיגבות תשלומים נפרדים בגין שירותים כגון נתבות, גרירה, פינוי אשפה וסילוק מי שיפוליים.
החיובים משולמים בדרך כלל באמצעות סוכן האונייה, הפועל מטעם בעליה או מפעיליה.
אף שאגרות כלי השיט אינן מוטלות ישירות על היבואן או היצואן, הן מהוות מרכיב בעלויות התפעול של חברות הספנות ועשויות להשפיע בעקיפין על תעריפי ההובלה הימית.
