סוכן אונייה, או בלועזית Ship Agent, הוא גורם מקצועי המייצג את בעל האונייה, מפעיל האונייה או חברת הספנות בנמל מסוים, ואחראי לתיאום הפעולות המנהליות והתפעוליות הנדרשות בעת הגעת האונייה לנמל, במהלך שהייתה בו ולפני יציאתה להמשך הפלגתה.
תפקידו כולל תיאום כניסת האונייה לנמל והקצאת רציף, העברת מסמכים ודיווחים לרשויות הנמל והמכס, תיאום שירותי ניתוב, גרירה, עגינה ופריקה וטעינה, וכן טיפול בצורכי האונייה וצוותה.
סוכן האונייה משמש גורם מקשר בין חברת הספנות לבין הנהלת הנמל, הרשויות, ספקי השירותים וגורמים לוגיסטיים נוספים, ופועל בהתאם לדין המקומי ולדרישות התפעוליות והבטיחותיות החלות בנמל.
בתחום היבוא והיצוא, סוכן האונייה ממלא תפקיד חשוב בתיאום הפעילות הנמלית ובהעברת מידע ומסמכים הקשורים לאונייה ולמטעניה.
עם זאת, תפקידו נבדל מזה של סוכן מכס, המטפל בהליכי שחרור סחורות מהמכס, ומזה של משלח בין-לאומי, האחראי לארגון ולתיאום הובלת המטען עבור היבואן או היצואן.
