מיסי יבוא, או בלועזית Import Taxes and Duties, הם תשלומי חובה המוטלים על טובין המיובאים למדינה, בהתאם לדיני המס והמכס החלים בה.
בישראל, מסי היבוא כוללים בעיקר מכס, מס קנייה ומס ערך מוסף (מע"מ), וכן מסים והיטלים נוספים המוטלים על יבוא טובין מכוח הדין.
מטרתם כוללת גביית הכנסות למדינה, הסדרת הסחר הבין-לאומי ולעיתים גם הגנה על ענפי ייצור מקומיים.
חישוב מיסי היבוא מתבסס על סיווג הטובין לפי פרט המכס המתאים, ערכם לצורכי מכס, ארץ המקור והוראות הדין החלות עליהם.
המכס ומס הקנייה מוטלים בהתאם לסוג הטובין ולשיעורי המס שנקבעו, בעוד שמע"מ ביבוא מחושב על בסיס ערך הטובין בתוספת רכיבים ומסים מסוימים הקבועים בחוק.
הסכמי סחר חופשי, פטורים והקלות עשויים להפחית את שיעור המכס או לבטלו, בכפוף לעמידה בתנאים הנדרשים.
בתהליך היבוא לישראל, תשלום מסי היבוא הוא בדרך כלל תנאי לשחרור הטובין מפיקוח המכס, אלא אם חל פטור או הסדר אחר המאפשר את שחרורם.
חשוב להבחין בין מסי יבוא לבין הוצאות מסחריות ותפעוליות, כגון דמי אחסנה, דמי ניטול, דמי תשתית ועלויות שילוח, שאינן נחשבות כשלעצמן למסי יבוא, אף שחלקן עשויות להיכלל בערך המשמש לחישוב המס בהתאם לדין.
