מטען במעבר, או בלועזית Cargo in Transit, הוא מטען שנכנס לישראל או יוצא ממנה דרך נמל ימי או אווירי, אך אינו מיועד לשוק המקומי אלא להמשך הובלה למדינה אחרת.
מדובר בטובין העוברים דרך תחום המדינה כחלק משרשרת שינוע בינלאומית, ללא שחרור לצריכה בישראל.
במקרה שבו המטען נשאר על גבי כלי השיט ואינו נפרק כלל בנמל הביניים, הוא עשוי להיחשב מטען נותר על גבי כלי השיט – FROB.
כדי שמטען ייחשב מטען במעבר עליו להיות מוצהר מראש ככזה בפני רשות המכס ולקבל את הכרתה.
ההצהרה נעשית לפני פריקת המטען מהאנייה או לפני כניסתו לנמל לצורך טעינה.
בנוסף, המטען חייב להישאר במצבו המקורי לאורך שהותו בנמל, ללא אריזה מחדש או הומכל מחדש עד להטענתו להמשך הדרך.
לסיווג כמטען במעבר יש משמעות מכסית ותפעולית, שכן המטען אינו משוחרר לשוק המקומי ואינו כפוף להליכי יבוא רגילים, אלא מצוי בפיקוח מכס עד יציאתו מהמדינה.
בהובלה יבשתית בינלאומית ניתן במקרים המתאימים להשתמש באמנת TIR– המאפשרת להעביר מטען חתום דרך מספר מדינות תחת מסגרת מכס וערבות בינלאומית אחידה, ללא תשלום מסי יבוא בכל מדינת מעבר.